关于商铺租赁协议中违约金的实际计算，基本上是依据于当事人之间事先依法形成的租赁协议中所约定的计算方法或者具体金额，严格按照协议内容进行。
倘若相关法律文件已经明确了赔偿金或者违约金的计算基准以及具体数值，那么便应毫不犹豫地遵照契约精神执行。
然而，在某些特殊情况下，例如协议中未涉及此问题，那么我们通常会根据违约行为所导致的实际经济损失作为衡量标准。
这些损失可能包括直接经济损失（如未能按时收取的租金）以及间接经济损失（如为了重新寻找到合适的承租人而产生的额外费用等等）。
在司法实践过程中，法院在评估违约金是否合理时，会全面考虑到租赁协议的实施状况、违约方在整个事件中所承担的责任及其过错程度、以及对当事人所期待获得的经济效益等等一系列关键要素。
总的来说，我们应当坚持这样的原则：
即违约金在任何情况下都不应该超过违约行为所产生的实际损失额，否则，被违约方有权利向法院申请适当降低违约金。
因此，针对违约金的计算问题，我们需要在个案中结合具体情况进行深入细致的分析。