公司进行股权转让时，主要涉及到印花税和所得税这两项税费。
印花税方面，是以股权转让协议所记载的金额为依据，按照万分之五的比例来缴纳。
比如说，股权转让协议上的金额是100万元，那么需要缴纳的印花税就是100万乘以0.05%，即500元。
在所得税方面，如果转让方是自然人，那就需要按照“财产转让所得”来缴纳个人所得税，税率固定为20%。
这里的应纳税所得额，是用转让收入减去股权原值以及合理费用之后的余额。
例如，转让收入是80万元，股权原值是60万元，合理费用是5万元，那么应纳税所得额就是80万减去60万再减去5万，等于15万元，需要缴纳的个人所得税就是15万乘以20%，即3万元。
转让方是企业的话，就应该将股权转让所得计入收入总额，然后按照25%的税率来计算缴纳企业所得税。
并且在计算应纳税所得额时，还可以扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
总之，股权转让涉及的税费计算确实比较复杂，需要根据具体的情况进行准确的核算，以确保税费缴纳的合规性。