自然人在将其持有的股权转让给企业或其他组织时，需将股权转让所得金额减去所持股权之原始价值与合理费用的余款作为应纳所得税的营业所得额，并依照"财产转让所得"这一类别进行个人所得税的申报缴纳。
在此过程中，所谓的"合理费用"主要是指股权转让交易过程中所产生的、且符合相关法律法规规定的各项税费支出。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。