公司通过股权转让的方式低价回购股份，是不合法的。与公司之间签订的股权转让协议属于公司回购股份，即股东向其股份所在公司转让股份。而这样的公司回购股份行为显然违反了公司法的规定。
我国的公司法对“公司股份回购”采取了“原则禁止，例外许可”的模式。《公司法》第一百四十二条规定，公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。

《公司法》第一百四十二条
公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。