股权转让和土地增值税没有什么关系。
公司在转让股权时，公司的资产状况，包括国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物的价值，是决定股权转让价格的重要因素，但不等于公司在股权转让时只要有土地使用权，股权转让的性质就变成了土地使用权转让，股权转让时目标公司并未发生国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物转让的行为。

《公司法》第七十一条
股权转让
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。