关于年度利润达到1,000万元的大额纳税人应缴纳何种税费的问题，需要根据实际情况进行具体分析计算。在一般的情况下，除了按照1,000万元的净利润，以25%的企业所得税标准预先缴纳企业所得税之外，更重要的部分来自于增值税以及其他附加税费，比如说城市维护建设税、教育费附加等等。除此之外，还涉及到诸多地方税种，如土地使用税、房产税、印花税、资源税、以及代替他人代收代付的个人所得税等等。
最后，才会按照董事会通过的25%比例来计算企业所得税。

《公司法》第一百六十六条
公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。
公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。
公司从税后利润中提取法定公积金后，经股东会或者股东大会决议，还可以从税后利润中提取任意公积金。
公司弥补亏损和提取公积金后所余税后利润，有限责任公司依照本法第三十五条的规定分配;股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。
股东会、股东大会或者董事会违反前款规定，在公司弥补亏损和提取法定公积金之前向股东分配利润的，股东必须将违反规定分配的利润退还公司。
公司持有的本公司股份不得分配利润。