要缴纳增值税、企业所得税、个人所得税、印花税。
1、小公司被上市公司收购双方应当缴纳企业所得税，企业所得税的税率为25％。
2、印花税股权转让要签股权转让合同或协议，而法规规定交易合同是需要贴花缴纳印花税的；印花税是对签订股权转让合同的双方征收的，双方都需要缴印花税；
3、增值税实务中，最常见的股权转让是个人或企业作为持股主体，转让自己持有的未上市企业（公司与合伙企业）的股权。
4、个人所得税，税率为20%。

《中华人民共和国企业所得税法》第六条
企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：
（一）销售货物收入；
（二）提供劳务收入；
（三）转让财产收入；
（四）股息、红利等权益性投资收益；
（五）利息收入；
（六）租金收入；
（七）特许权使用费收入；
（八）接受捐赠收入；
（九）其他收入。