当营运车遭遇追尾且对方负全责时，起诉流程是这样的：
1、首先要全面收集证据，这十分关键。
比如仔细拍摄事故现场的照片，要清晰地展现车辆碰撞的位置、受损情况等细节；
等待交警前来处理事故后，要妥善保存交警出具的事故认定书，它是判定责任的重要依据；
还有车辆维修时开具的发票，这能证明维修所需的费用。
2、接着准备起诉状，这一步要明确自己的诉讼请求，像要求对方赔偿因追尾导致的车辆维修费用，以及因营运受到影响而产生的营运损失等。
起诉状中需详细包含原被告的基本信息，让法院能准确知晓双方身份；
清晰地列出诉讼请求，让对方清楚知道要赔偿的内容；
详细阐述事实与理由，把事故发生的经过、自己的损失等情况详细说明。
3、将准备好的起诉状及相关证据一并提交给有管辖权的法院，通常是事故发生地的法院或者被告的住所地法院。
法院受理后会合理安排开庭时间，双方都必须按时参加庭审，在庭审过程中要进行举证质证，也就是各自拿出证据并说明其真实性、合法性和关联性，同时还可以进行辩论，充分表达自己的观点和理由。
4、庭审结束后，法院会依据事实和法律作出判决。
如果对方对判决不服，就可以在规定的时间内向上级法院提起上诉。
在整个起诉过程中，为了更好地维护自身权益，还可以委托专业的律师来代理相关事务。
案情回顾:
小朱驾驶营运车被小李追尾，小李负全责。小朱收集证据时，对事故现场照片拍摄不清晰，小李质疑照片证据效力。小朱准备起诉状要求赔偿维修及营运损失后，向法院提交材料。庭审时双方就证据和赔偿数额起争议，最终法院作出判决。
案情分析:
1、小朱在收集证据环节存在瑕疵，照片不清晰可能影响其证明力，交警的事故认定书及维修发票可作为有力支撑。
2、起诉状应明确合理的诉讼请求，小朱主张的维修费用和营运损失需有清晰的计算依据和证据支撑。
3、法院受理后安排庭审，双方需按程序举证质证和辩论，小朱应针对小李质疑合理回应。
4、若小李对判决不服上诉，小朱可委托律师应对，维护自身合法权益。