若您的货运资格证书已超过有效期且未进行年度审核，发生了交通事故，那么保险公司将不承担赔偿责任，这是因为经营车辆需要具备相应资格证书，如资格证书已过期，即便仅逾期一日，亦视为无有效证件，在此情况下保险公司有权拒绝赔偿，并有充足理由支持其决定。值得注意的是，驾驶员未获得道路运输从业资格证是由相关行政部门对该行业实施管理的规定，并非法律或行政法规所强制要求的事项。尽管如此，若违反了行政管理的相关规定，仍应由行政部门进行处罚。

《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十一条
被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，由保险公司依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
道路交通事故的损失是由受害人故意造成的，保险公司不予赔偿。