合同专用章丢失应该进行以下补救措施：
单位应当应当立即登报发布遗失公告；
并及时向登记管理机关报告；
需要重新刻印的，可以再次携带登记证书、书面申请书、印章式样材料、登记机关介绍信等材料，前往当地公安机关再次申请即可。

《民办非企业单位印章管理规定》第三条
民办非企业单位刻制印章须在取得登记证书后向登记管理机关提出书面申请及印章式样，持登记管理机关开具的同意刻制印章介绍信及登记证书到所在地县、市（区）以上公安机关办理备案手续后刻制。
第四条
（四）民办非企业单位印章丢失，经声明作废后，可以按本规定程序申请重新刻制。重新刻制的印章应与原印章有所区别。如五角星两侧加横线。