在处理工程款项的违约金计算问题时，我们通常采取以下几种常见的方式进行核算：
首先，根据合同约定，如果合同已经清晰明确地规定了违约金的计算办法与标准，那么就应当严格依照该规定执行；
其次，倘若合同并未对相关事项做出明确规定，此种情况下可以按照实际发生的违约所带来的具体损失进行核算。
这里所说的实际损失既包含了由于违约行为而直接产生的经济损失，还包括了可能实现但未实现的预期利益损失在内。
在司法实践过程中，法院会全面综合地考虑到合同履约情况、违约行为过错程度、以及预期利益等各种因素。
如若发现约定的违约金过高或过低，当事人皆有权向法院提起诉讼，要求对此进行合理调整。
总体来说，违约金的计算原则应始终秉持以弥补损失为主导，加以适度处罚为辅助的这样一个基本思路。
同时，对于主张违约金的一方而言，他们需要承担起举证责任，去充分证明违约行为确实存在及其所造成的经济损失金额。