当欠款人持有公司股份时，可参考以下方法来维护自身权益：
一、协商以股抵债
首先可以尝试与欠款人进行协商。
在协商过程中，明确向欠款人表明，考虑到其目前的欠款情况，是否愿意将其持有的公司股份转让给债权人，以此来抵偿所欠款项。
这是一种相对友好且高效的解决方式。
如果双方能够达成一致意见，那么接下来需要严格按照公司法以及该公司的公司章程所规定的程序，去办理股份转让的相关手续。
比如，可能需要提交一系列的文件，包括转让协议、身份证明等，以确保转让过程合法合规。
二、申请财产保全
倘若债权人担心欠款人会为了逃避债务而转移其持有的股份，那么可以向法院提出财产保全的申请。
法院在收到申请后，会根据具体的案件情况进行审查。
比如，会考量欠款人的信用状况、是否存在转移资产的迹象等。
若法院认为有必要，就会准许保全申请，从而限制欠款人对其股份进行处分。
三、诉讼及执行
要是协商无法达成一致，债权人可以向法院提起诉讼，要求欠款人偿还欠款。
在获得胜诉判决后，如果欠款人仍然拒不履行还款义务，那么在执行阶段，债权人可以申请法院对欠款人持有的公司股份进行评估、拍卖。
法院会按照相关规定，委托专业的评估机构对股份价值进行评估，然后通过合法的拍卖程序，将股份进行拍卖，最后以拍卖所得的价款来清偿欠款。
但要特别注意，整个执行股份的过程都必须严格遵循相关的法律程序和规定。

案情回顾:

小朱欠小李款项，小朱持有某公司股份。小李先与小朱协商以股抵债，小朱起初答应后又反悔。小李担心小朱转移股份便申请财产保全，法院审查后予以准许。后小李起诉小朱，胜诉后小朱仍不还钱，小李申请执行小朱股份，小朱却质疑执行程序合法性。

案情分析:

1、协商以股抵债时，双方应遵循公司法及公司章程程序。小朱反悔违背诚信原则，若此前有达成初步协议，其行为可能构成违约。
2、法院准许财产保全申请合理，能防止小朱逃避债务转移股份，保障小李债权实现。
3、执行阶段，法院按规定评估、拍卖小朱股份合法，小朱质疑无依据，应严格按程序执行以清偿欠款。