倘若工程款项已然全部结算清楚，然而仍然存在着部分欠款没有收回，那么追索这笔欠款的过程便可以通过民事诉讼的途径来实现。
关于申请执行的时限，根据相关法律法规的规定，其期限为两年。
这就意味着，若法律文书已经明确规定了具体的履行期限，那么追索欠款的时间则应自该法律文书所规定的履行期限的最后一天开始计算；
而若是法律文书规定了分期履行的情况，那么追索欠款的时间则应自最后一期履行期限届满之日起算；
若法律文书并未对履行期限做出明确规定，那么追索欠款的时间则应自法律文书正式生效之日起计算。
在实践操作中，当事人应当在上述规定的期限内及时向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求对方履行支付欠款的义务。
如若超过了申请执行的期限，那么当事人将有可能失去追索欠款的权力。
因此，为了维护自身的合法权益，当事人必须在法定的期限内积极采取有效措施加以应对。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十条
申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从最后一期履行期限届满之日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。