1、借款合同有瑕疵，会不会影响担保合同，要看是什么瑕疵而定，如果造成借款合同无效的，担保合同也无效。
2、借款合同是由借款人和出借人签订的合同，如果借款合同有担保的，担保人和债权人要签订担保合同。而担保合同是借款合同的从合同。

《中华人民共和国民法典》第三百八十八条
设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。
担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。