处理医疗纠纷的程序是：
1、医患沟通：加强与患方的沟通，消除误会、化解矛盾；
2、调解：医患双方通过沟通，遵循合法、合理、自愿的原则达成一致和解意见并签订协议书；
3、第三方调解，卫生行政部门来进行行政调解；
4、如果医疗纠纷不能成功调解，那么可以进行司法鉴定。

《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。