快递公司在运输中损坏了快件,责任是快递公司。快递公司损坏用户的邮件,应该按照物质标价的3倍赔偿。一般快递单上都有一个价格栏,不过一般的客户很少填写,所以价格的认定比较麻烦。在快递公司承接快递业务时,所填写的表格其实就是一份服务合约,因此,快递公司理当进行赔偿。
但属于下列情况的，快递服务组织可不负赔偿责任：
1、所寄物品本身的自然性质或者合理损耗造成快件损失的;
2、由于不可抗力的原因造成损失的(保价快件除外);
3、寄件人、收件人的过错造成损失的。

《快递暂行条例》第二十七条
快件延误、丢失、损毁或者内件短少的,对保价的快件,应当按照经营快递业务的企业与寄件人约定的保价规则确定赔偿责任;
对未保价的快件,依照民事法律的有关规定确定赔偿责任。国家鼓励保险公司开发快件损失赔偿责任险种,鼓励经营快递业务的企业投保。