一次运输49条香烟是否违法，应当根据运输方式来判断。具体情况如下：
1、人货不分，视为携带，一次运输49条香烟不违法；
根据法律规定，在没有取得烟草专卖部门签发的烟草专卖品准运证的情况下，每人每次异地携带卷烟数量不得超过50条，如果超过50条的，就需要办理准运证。
2、人货分离，一次运输49条香烟违法。
邮寄、托运卷烟、雪茄烟每件以2条（400支）为限（二者合寄时亦限2条）；
邮寄烟叶、烟丝每件以5公斤为限（二者合寄不得超过10公斤）。
同时，每人每次限寄一件，不得一次多件或多次交寄。
一、烟草准运证办理流程
1、准备申请材料。烟草专卖品准运证申办单或申请书等格式申请文书；申请办理交易类烟草专卖品准运证，应提交中国烟草总公司各相关专业公司签章确认的各类合同、调运单等凭证；
2、申请人提出申请时，应当填写申请表，到烟草专卖局行政服务窗口提出申请，也可以通过信函、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出；
3、由烟草专卖局行政服务窗口审核是否符合条件，符合条件的，核发烟草专卖准运证。
二、申请办理烟草专卖品准运证应当具备下列条件：
1、调出方和调入方是合法的烟草专卖品经营单位；
2、申请运输的是符合法律规定的烟草专卖品；
3、申办人应当持有申请人的委托书和本人身份证等合法证明；
4、具有合法有效的购销合同或者调拨单以及其他应当具备的证明材料原件。

《国家烟草专卖局、邮电部关于恢复烟草及其制品邮寄业务的通知》第二条
邮寄卷烟、雪茄烟每件以二条（400支）为限（二者合寄时亦限二条）。
《国家烟草专卖局、邮电部关于恢复烟草及其制品邮寄业务的通知》第三条
用户邮寄烟草及其制品，每人每次限寄一件，不准多件邮寄。
《中华人民共和国烟草专卖法》第二十一条
托运或者自运烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证；无准运证的，承运人不得承运。
《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》第一条
个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（50条）。个人在最高限量以内携带卷烟，不需办理携带证明。
《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》第二条
卷烟工商企业的公务人员跨地（市）携带业务用烟，超过个人携带卷烟最高限量的，必须向烟草专卖局申请办理携带证。卷烟工商企业的公务人员跨地（市）携带业务用烟的数量每人次不得超过5万支（250条）。