在婚姻关系中，当女方提出离婚，且夫妻双方育有两个孩子时，孩子抚养权的分配便成为需要妥善处理的重要问题。
通常来说，会按照以下方式来处理：
1.协商解决：
夫妻双方首先可以尝试自行协商，心平气和地探讨两个孩子抚养权的归属问题。
在协商过程中，需要全面考虑各种因素，比如孩子的生活习惯、与父母双方的感情亲疏等。
如果双方能够达成一致意见，就可以签订一份详细的离婚协议。
在协议中，除了明确规定两个孩子分别由谁抚养外，还应当对抚养费的数额、支付方式和支付期限，以及探视权等相关事项作出清晰、具体的约定。
之后，双方便可携带相关材料到婚姻登记机关办理离婚登记手续。
2.诉讼解决：
若经过多次沟通和协商，双方仍无法就孩子抚养权问题达成一致，女方则可以向法院提起离婚诉讼。
法院在审理此类案件时，会秉持着有利于子女身心健康、切实保障子女合法权益的原则，综合考虑父母双方的抚养能力和抚养条件等多方面的具体情况作出判决。
一般而言，可能会判决一方抚养一个孩子。
但如果其中一方存在诸如患有严重疾病，可能影响孩子健康成长，或者有赌博、吸毒等不良嗜不利于孩子的身心健康等不适合抚养孩子的情形，法院也有可能将两个孩子的抚养权都判给另一方。
同时，不直接抚养孩子的一方需要按照法律规定支付相应的抚养费。

案情回顾:

小朱和小李夫妻育有两个孩子，小朱提出离婚，双方就孩子抚养权分配产生争议。起初尝试协商，未达成一致。后小朱向法院起诉，小朱称小李有赌博恶习不利孩子成长，小李则称自己更有抚养条件。

案情分析:

1、协商阶段，双方应全面考虑孩子生活习惯等因素来确定抚养权归属，若能达成一致并签订详细离婚协议，可按协议办理离婚登记。
2、诉讼阶段，法院会秉持有利于子女身心健康原则判决。若小李确有赌博恶习，可能两个孩子抚养权都判给小朱，不直接抚养方需支付抚养费。