关于两个男孩在父母离婚时抚养权的分配问题，以下为你详细分析：
1.协商优先原则：
父母离婚时，对于两个男孩抚养权的归属，首先应尝试通过协商来确定。
在协商过程中，双方可以充分考虑各自的实际情况以及孩子的需求。
只要协商的内容不违反法律的相关规定，并且切实有利于孩子的成长和发展，法院通常会尊重双方协商达成的意愿。
2.法院判决遵循的原则：
若双方无法通过协商达成一致，就需要由法院进行判决。
法院在判决时，会始终以有利于子女身心健康、保障子女合法权益为出发点，同时结合父母双方的抚养能力和抚养条件等多方面的具体情况来综合考量。
一般而言，两周岁以下的子女，通常会以随母亲生活为原则，因为这个阶段的孩子更需要母亲的照顾。
而对于两周岁以上的孩子，法院会全面综合考虑双方的经济状况，此外，对于八周岁以上的子女，法院还会尊重他们的真实意愿，会认真听取孩子自己的想法和选择。
3.特殊情形的考虑：
在某些特殊情况下，抚养权的分配会有所倾向。

案情回顾:

小朱和小李离婚，育有两个男孩。双方就孩子抚养权分配产生争议，小朱认为自己工作灵活能多陪孩子应得抚养权，小李则觉得自己条件也不错。协商不成，诉至法院。

案情分析:

1、协商优先，双方应充分考虑自身及孩子需求协商抚养权归属，只要不违法且利于孩子成长，法院会尊重协商结果，但本案中双方协商未达成一致。
2、法院判决会以利于子女身心健康等为原则，综合考量抚养能力和条件。两周岁以下一般随母，两周岁以上看经济、环境等，八周岁以上尊重孩子意愿。
3、若一方有严重疾病或不良嗜好等不利于孩子成长的特殊情形，另一方获抚养权可能性大。