怀孕期间离婚时，两个孩子抚养权的判定有以下明确原则：
一、哺乳期内子女的抚养权归属
哺乳期内的子女，通常会随哺乳的母亲抚养。
这是因为在这个特殊阶段，孩子对母亲有着天然且更为强烈的依赖。
母亲的悉心照料，无论是在饮食喂养，还是情感安抚方面，都更契合孩子的需求，对孩子的成长和健康极为有利。
比如，母亲能更敏锐地感知孩子的饥饿、困倦等需求，及时给予回应和照顾。
二、哺乳期后子女抚养权的考量因素
哺乳期过后，法院在判定抚养权时，会以有利于子女身心健康、保障子女合法权益为出发点，全面结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况来妥善解决。
三、尊重孩子自身意愿
若孩子年满八周岁，法院会充分尊重孩子的真实意愿。
因为这个年龄段的孩子已经有了一定的认知和判断能力，对自己跟随哪一方生活可能有较为清晰的想法。
另外，不直接抚养子女的一方需负担部分或者全部抚养费。
抚养费的具体数额以及支付方式等，法院会依据实际情况作出合理判决。

案情回顾:

小朱与小李在小朱怀孕期间协议离婚，涉及两个孩子抚养权问题。争议点在于两个孩子分别处于哺乳期和哺乳期后，且其中一个年满八周岁，抚养权该如何判定，以及抚养费如何支付。

案情分析:

1、对于哺乳期内的孩子，一般应随小朱抚养，因母亲在哺乳期能更好地照料孩子，满足其饮食、情感等需求。
2、哺乳期后的孩子，法院会综合考量双方抚养能力和条件。若小朱或小李一方收入稳定、居住环境好等，获得抚养权可能性更大。
3、年满八周岁孩子的抚养权，法院会尊重其自身意愿。
4、不直接抚养子女的一方需负担抚养费，具体数额和支付方式由法院根据实际情况判决。