抚养权变更与推翻离婚协议是两个不同的概念，二者有着明显的区别，具体分析如下：
一、离婚协议的性质
离婚协议是夫妻双方在自愿、平等的基础上，就解除婚姻关系、财产分割以及子女抚养等一系列重要问题，经过充分协商后达成的书面约定。
这份协议在双方签字并经相关部门登记备案后，便具有了法律约束力，双方都应当按照协议的内容履行各自的义务。
例如，在财产分割方面，明确约定了哪些财产归属于哪一方，这一约定在法律上是受到保护的。
二、抚养权变更的原因
抚养权的变更往往是因为出现了一些特定的情况。
一方面，可能是直接抚养孩子的一方患上了严重的疾病，在这些法定情形下，为了保障孩子的身心健康和正常成长，法律赋予了相关方申请变更抚养权的权利。
三、二者关系
抚养权变更仅仅是对离婚协议中关于子女抚养这一部分内容的调整和改变，并不会对离婚协议的其他条款产生影响。
例如，之前协议中关于财产分割的条款依然是有效的。
所以说，抚养权变更并不等同于推翻整个离婚协议。

案情回顾:

小朱和小李离婚时签订离婚协议，约定财产分割及子女抚养权等事项。后小朱患上严重传染病，失去抚养孩子能力，小李申请变更抚养权，小朱却认为变更抚养权意味着要推翻整个离婚协议，双方因此产生争议。

案情分析:

1、离婚协议是双方自愿平等协商达成的书面约定，签字并登记备案后有法律约束力，双方应按约履行义务，如财产分割约定受法律保护。
2、小朱患病失去抚养能力，符合抚养权变更的法定情形，小李有权申请变更。而抚养权变更仅调整子女抚养部分，不影响离婚协议其他条款，并非推翻整个协议。