如果房产部门不承认遗嘱，可参照以下步骤妥善处理：
一、确认遗嘱效力
遗嘱要想具备法律效力，需同时满足法定形式和实质要件。
从形式方面来看，不同类型的遗嘱有不同要求。
代书遗嘱则应当有两个以上没有利害关系的见证人在场见证，其中一人代书，注明年、月、日，并由代书人、其他见证人和遗嘱人签名。
若遗嘱在形式或内容上存在瑕疵，比如签名不完整、见证人数不足等，都可能对其效力产生影响。
所以，要仔细对照法律规定，核查遗嘱是否有效。
二、申请遗嘱公证
若遗嘱此前未经公证，可向当地的公证机构提出办理遗嘱公证的申请。
公证机构会按照严格的程序和标准，对遗嘱的真实性、合法性进行审查。
经过公证的遗嘱，其公信力更强，在后续处理房产相关事宜时，更具有说服力。
三、提起诉讼
若房产部门在经过上述步骤后，仍然不认可遗嘱的效力，那么可以向有管辖权的法院提起确认遗嘱效力之诉。
法院会依据相关法律规定，并结合各方提供的证据，对遗嘱的效力进行全面、细致的审查和判断。
一旦法院最终认定遗嘱有效，便可凭借生效的判决，要求房产部门协助办理房产过户等一系列相关手续，以保障自身的合法权益。

案情回顾:

小朱去世后，其遗嘱指定房产由小李继承。但房产部门不承认该遗嘱。遗嘱为代书遗嘱，仅有一名见证人签名，存在见证人数不足的瑕疵，这成为争议焦点，小李为此按流程处理。

案情分析:

1、关于遗嘱效力确认，此代书遗嘱因见证人数不足，不符合法定形式要件，可能影响效力。需严格对照法律规定来判断。
2、申请遗嘱公证方面，小李可向公证机构申请，公证机构会审查遗嘱真实性与合法性，经公证后公信力会增强。
3、若房产部门仍不认可，小李可提起确认遗嘱效力之诉，法院审查判断后，若认定有效，小李可凭判决要求房产部门协助办理手续。