如果在自己毫不知情的情况下，遗产被征收了，可参照以下步骤来妥善处理：
1.收集相关证据：
-首先要尽可能全面地搜集各种能够证明该财产属于遗产，且自己依法享有继承权的有力证据。
例如，遗嘱是证明遗产分配意愿的重要依据；亲属关系证明可以清晰地显示自己与被继承人之间的关系；财产权属证明则能明确该财产的归属情况等。
这些证据是后续维护自身权益的关键支撑。
2.核查征收主体与程序合法性：
-仔细查明究竟是哪个具体部门实施了此次征收行为。
接着，要认真查看征收行为是否严格遵循法定程序。
这包括是否有合法的征收决定，征收决定需明确征收的范围、目的等；是否进行了规范的公告，让相关权益人知晓征收事宜；以及是否制定了合理的补偿安置方案等。
3.积极提出异议并协商：
-主动向征收部门明确提出自己的异议，清晰表明自己对该遗产所拥有的合法权益。
同时，要求征收部门暂时停止相关征收程序，以便双方就补偿等核心问题展开充分的协商，争取达成一个双方都能接受的解决方案。
4.通过法律途径维权：
-若经过协商仍无法达成一致意见，可根据实际情况，依法申请行政复议，请求上级行政机关对征收行为的合法性、合理性进行全面审查；或者直接向人民法院提起行政诉讼，要求法院确认征收行为违法，并主张自己应得的合理补偿等合法权益。

案情回顾:

小朱在毫不知情的情况下，自家遗产被征收。小朱主张自己有继承权，要求征收部门暂停征收并协商补偿，但征收部门认为程序合法，拒绝协商，双方产生争议。

案情分析:

1、小朱应收集遗嘱、亲属关系证明、财产权属证明等证据，以证明自己对遗产的合法继承权，为后续维权提供有力支撑。
2、小朱需核查征收主体与程序合法性，如征收决定是否合法、有无规范公告及合理补偿安置方案等，若存在违法违规行为，可作为维权要点。
3、小朱已向征收部门提出异议并要求协商，征收部门拒绝的情况下，小朱可考虑法律途径。
4、若协商无果，小朱可申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。