夫妻财产约定协议无效后，需依据具体情形妥善处理，以保障双方合法权益。
具体处理方式如下：
1.财产未处分情况：
若协议涉及的财产尚未进行实际处分，应当恢复至协议签订前的状态。
例如，夫妻双方在协议中约定将某套房产归一方所有，当该协议被认定无效后，此房产就仍应作为夫妻共同财产。
这种处理方式是为了确保财产的归属回归到协议签订前的合法状态，避免因无效协议造成财产权益的不当变动。
2.财产已处分情况：
对于已经按照无效协议进行了处分的财产，需要根据不同情形分别进行返还或者补偿。
比如，一方按照协议将部分存款转移给另一方，协议无效后，接收存款的一方应将该存款返还；若一方因履行协议而遭受了经济损失，比如为了配合协议处分财产而支付了额外费用等，那么可要求另一方给予适当补偿。
总之，处理无效协议涉及的财产时，要遵循公平原则。

案情回顾:

小朱和小丽是夫妻，二人签订夫妻财产约定协议，约定将一套房产归小丽所有，后该协议被认定无效。此外，小朱还按协议将部分存款转给了小丽，且小朱为配合协议处分财产支付了额外费用。争议点在于协议无效后财产如何处理。

案情分析:

1、对于房产，由于协议无效且房产未实际处分，应恢复至协议签订前的状态，即房产仍作为夫妻共同财产，保障双方财产权益回归合法状态。
2、对于存款，小丽应将接收的存款返还给小朱。而对于小朱支付的额外费用，小丽应给予小朱适当补偿，遵循公平原则处理无效协议涉及的财产问题。