在房屋交易过程中，若涉及到五证不全的问题，那么这份购房协议很有可能会被法院判定为无效。
根据我国现行的《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十八条明确规定，未经合法登记并取得权属证书的房地产是禁止进行转让的。因此，当一处房产的五个证件（即土地使用权证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证以及预售许可证）未能全部获得时，这就意味着该房产尚未经过合法登记并取得权属证书。依照上述法律条款，这类房产是严禁进行转让的，相应的购房协议也极有可能被法院判定为无效。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十八条
下列房地产，不得转让：
（一）以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；
（二）司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的；
（三）依法收回土地使用权的；
（四）共有房地产，未经其他共有人书面同意的；
（五）权属有争议的；
（六）未依法登记领取权属证书的；
（七）法律、行政法规规定禁止转让的其他情形。