处理房地产证书纠纷的有效方式包括：以平等且互惠共赢为基础，通过私下协商寻求和解的可能，若和解不成，还可请求第三方介入协助调解；在双方无法达成共识的情况下，可依据房屋买卖合同中的相关条款，将争议提交给特定机构进行仲裁裁决；若仲裁结果未能解决问题，则可依法向当地人民法院提出诉讼申请。

《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。