当农村房屋遭遇侵占的情况时，可参考以下解决办法：
1.协商解决：
这是最为理想且成本较低的方式。
首先，房屋所有权人要主动且平和地与侵占方展开沟通。
可以选择一个双方都比较方便的时间和地点，面对面地交流。
在交流过程中，要清晰、明确地向侵占方阐述其行为是违法的，会对自身权益造成损害。
同时，心平气和地要求侵占方立即停止侵占行为，尽快归还房屋。
通过友好协商，争取和平解决纠纷，避免矛盾进一步激化。
2.申请调解：
若协商未能达成一致，此时可以向当地的村民委员会、乡镇人民政府等相关调解组织提出调解申请。
这些调解组织熟悉当地情况，会依据相关法律法规以及实际发生的事实情况，站在公正的立场上进行调解。
他们会努力促使双方进行深入沟通，理解彼此立场，争取达成和解协议，化解矛盾。
3.提起诉讼：
要是调解也无法有效解决问题，房屋所有权人就需要通过法律途径维护自身权益，向人民法院提起民事诉讼。
在诉讼前，要做好充分准备，收集各类有力证据，在诉讼中，凭借这些证据证明自己对房屋的合法权益受到了侵害，请求法院判令侵占方停止侵权行为，返还房屋，同时可要求其对造成的损失进行相应赔偿。

案情回顾:

小朱的农村房屋被小李侵占，小朱先与小李协商，明确告知其行为违法，要求停止侵占归还房屋，但小李拒绝。随后小朱申请村委会调解，调解过程中双方仍未达成一致。最后小朱向法院提起诉讼，争议点在于小李是否应归还房屋及赔偿损失。

案情分析:

1、小朱与小李协商时，小李拒绝协商解决，表明其未认识到自身侵占行为的违法性，侵害了小朱的房屋所有权。
2、调解不成后，小朱提起诉讼是维护自身权益的合法途径。小朱若能提供房屋产权证明、侵占事实相关证据等，法院应会支持其诉求，判令小李停止侵权、返还房屋并赔偿损失。