在购房过程中，若遇到购房合同补充协议与主合同冲突的情况，一般遵循“时间在后为准”的原则。
以下为你详细说明：
1.合同性质：主合同是基础合同，确定了购房的基本事项；
补充协议则是对主合同的补充、修改或变更，让合同内容更加完善。
2.冲突分析：当二者条款出现冲突时，要具体分析冲突条款的性质和影响。
如果补充协议是对主合同的合理细化和补充，比如对房屋装修细节的进一步明确，且不违反法律法规强制性规定，那么应优先适用补充协议。
3.特殊情况：但要是补充协议的内容违反法律法规强制性规定，例如约定了违法的交易条款，或者损害国家、集体或第三人利益，像恶意压低房价损害他人权益等，那么该部分条款无效，此时仍应适用主合同条款。
总之，在处理这种冲突时，要根据具体情况全面综合地进行判断，从而确定最终适用的合同条款。

案情回顾:

小朱向小李购买房屋，签订购房主合同后，又签订补充协议。补充协议中关于房屋交付时间与主合同冲突，且补充协议约定房价明显低于市场行情，引发争议。

案情分析:

1、对于房屋交付时间冲突，因补充协议是对主合同的进一步约定，若不违反法律法规强制性规定，按“时间在后为准”原则，应优先适用补充协议。
2、关于恶意压低房价部分，此约定损害第三人利益，违反法律法规强制性规定，该部分条款无效，此时应适用主合同条款。