股东在进行清算时的利润分配，有着明确的步骤和原则，具体如下：
一、清算程序启动
当公司出现解散事由后，清算组要对公司的全部财产进行细致的清理，包括固定资产、流动资产等。
同时，还要精心编制资产负债表，清晰列出公司的资产和负债状况，以及详细的财产清单，为后续的清算工作提供准确的数据基础。
二、清偿债务
在考虑利润分配之前，必须优先清偿公司所欠的各类债务。
这其中涵盖了职工的工资，要确保员工的劳动所得得到支付；社保费用，保障员工的社会保障权益；法定补偿金，按照法律规定给予相关人员应有的补偿；税款，依法履行纳税义务；以及其他公司债务等。
只有在这些债务都得到妥善清偿后，才能进行下一步的利润分配。
三、剩余财产分配
当公司财产在清偿完所有债务后还有剩余，对于有限责任公司而言，通常按照股东的出资比例来分配利润，不过，如果公司章程有另外的规定，那就按照章程执行。
四、特殊情况处理
若股东之间存在关于利润分配的特别约定，并且该约定不违背法律法规的强制性规定，那么就按照这个约定来进行分配。
总之，股东清算时的利润分配，一定要在完成法定的清偿程序后，严格依照法定或约定的比例有序进行。

案情回顾:

小朱、小李、小胡三人是某有限责任公司股东。公司章程规定营业期限届满解散，清算组编制资产负债表等后，清偿了职工工资等债务，此时剩余财产分配产生争议，小朱认为应按出资比例分配，小胡则称有特别约定应按约定分。

案情分析:

1、清算程序启动方面，公司因章程规定的营业期限届满解散，清算组对财产清理、编制相关表册等操作符合规定，为后续工作奠定了基础。
2、清偿债务环节，优先清偿各类债务保障了相关权益，在债务妥善清偿后才考虑利润分配，符合法定程序。
3、剩余财产分配上，一般应按出资比例，但有特别约定且不违法强制规定时可按约定，需确认小胡所说特别约定的真实性及合法性。
4、特殊情况处理时，若特别约定有效则按约定分，无效则按出资比例分配剩余财产。