自然人独资的有限公司破产后，所欠款项按照规定进行清算。难以区分自然人的个人财产与公司资产的，实践中要求自然人仅就这一财产范围内由自然人承担连带责任。
破产的基本流程如下：
1、破产申请，由债权人或债务人自向法院申请破产；
2、立案审查，法院做出是否受理的决定；
3、案件受理，如果受理，法院应依法通知所有债权人；
4、案件受理后的工作，债权的申报与登记；
5、债权人会议，组成债权人会议，并就整顿与和解协议讨论；
6、破产和解，如果达成和解协议，破产程序中止，公司继续经营；
7、企业整顿，破产宣告，破产清算，裁定破产程序终结，企业注销登记。
公司破产是指公司因不能清偿到期债务，无力继续经营，由法院宣告停止营业，进行债权债务清理的状态。中国公司法规定，依法宣告破产的公司，由法院依照有关法律，组织股东、有关机关及有关专业人员成立清算组，对公司进行破产清算。
破产清算是指宣告股份有限公司破产以后，由清算组接管公司，对破产财产进行清算、评估和处理、分配。清算组由人民法院依据有关法律的规定，组织股东、有关机关及有关专业人士组成。所谓有关机关一般包括国有资产管理部门、政府主管部门、证券管理部门等，专业人员一般包括会计师、律师、评估师等。

《企业破产法》第十条
债权人提出破产申请的，人民法院应当自收到申请之日起五日内通知债务人。
债务人对申请有异议的，应当自收到人民法院的通知之日起七日内向人民法院提出。人民法院应当自异议期满之日起十日内裁定是否受理。
除前款规定的情形外，人民法院应当自收到破产申请之日起十五日内裁定是否受理。
有特殊情况需要延长前两款规定的裁定受理期限的，经上一级人民法院批准，可以延长十五日。第十一条人民法院受理破产申请的，应当自裁定作出之日起五日内送达申请人。
债权人提出申请的，人民法院应当自裁定作出之日起五日内送达债务人。债务人应当自裁定送达之日起十五日内，向人民法院提交财产状况说明、债务清册、债权清册、有关财务会计报告以及职工工资的支付和社会保险费用的缴纳情况。