存在劳动争议的公司是可以注销的。劳动争议主体即劳动争议的当事人，包括劳动者和用人单位，是劳动法律关系中权利的享有者和义务的承担者。如果在劳动争议过程中企业已进入清算阶段，则劳动者应将清算组作为争议的主体。清算组即清算机构，是企业经营终止后执行清算事务并代表企业行使职权的权务机构，它负责企业清算期间的一切事宜。也就是说，如果劳动争议发生时，用人单位进入破产清算，那么劳动者在选择相对一方主体的时候应当直接将清算组列为被申请人。

《劳动人事争议仲裁办案规则》第六条
发生争议的用人单位未办理营业执照、被吊销营业执照、营业执照到期继续经营、被责令关闭、被撤销以及用人单位解散、歇业，不能承担相关责任的，应当将用人单位和其出资人、开办单位或者主管部门作为共同当事人。