股东协议与公司章程的区别是：
一、股东协议属于任意性文件，并非设立公司的必备性文件（股份有限公司、中外合资经营企业、中外合作经营企业除外）；
而公司章程是公司设立的必备性文件。《公司法》关于有限责任公司的设立规定以及关于股份有限公司的设立规定；
《中外合资经营企业法》关于中外合资经营企业的设立规定，《中外合作经营企业法》关于中外合作经营企业的设立规定，均以公司章程为必备文件。
二、根据合同相对性原理，股东协议仅在签订协议的股东之间具有法律约束力，不能从根本上约束公司本身；
而根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有法律约束力。
三、股东协议的订立和修改都需要当事人协商一致；而按照《公司法》的规定，公司章程的制定和修改，并不一律要求全体股东一致同意，存在依“少数服从多数”的原则来制定和修改的情况。

《公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。