医疗机构主要负责人变更流程：向登记机关申请办理变更登记，并提交医疗机构申请变更登记注册书、申请变更登记的原因和理由等材料；登记机关在受理变更登记申请后进行审核；作出核准变更登记或者不予变更登记的决定。

《医疗机构管理条例实施细则》第三十条
医疗机构变更名称、地址、法定代表人或者主要负责人、所有制形式、服务对象、服务方式、注册资金（资本）、诊疗科目、床位（牙椅）的，必须向登记机关申请办理变更登记，并提交下列材料：
（一）医疗机构法定代表人或者主要负责人签署的《医疗机构申请变更登记注册书》；
（二）申请变更登记的原因和理由；
（三）登记机关规定提交的其他材料。