扣押的商标侵权商品会被依法查处并且对涉嫌犯罪的物品移送司法机关处理。商标所附带的权利被侵害后所产生的经济影响过大就会对社会造成难以磨灭的负面危害，而在案件中为了调查而扣押的侵权商品可能就会作为证据或者其他需要而被暂时性的移送处理。
县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：
(1)询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况;
(2)查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料。

《商标法》第五十七条
有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权:
(一)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的;
(二)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的;
(三)销售侵犯注册商标专用权的商品的;
(四)伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的;
(五)未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的;
(六)故意为侵犯他人商标专用权行为提供便利条件，帮助他人实施侵犯商标专用权行为的;
(七)给他人的注册商标专用权造成其他损害的。