职务侵占达到5万元这个数额较大的标准后，企业部门经理极有可能要面临刑事处罚。
这是一件非常严肃的事情，企业必须及时采取行动。
企业应当迅速向公安机关报案，让公安机关介入立案侦查。
一旦经侦查确定犯罪事实存在，那么这位经理可能就要被判处三年以下的有期徒刑或者拘役，并且还需要缴纳罚金。
与此同时，企业还可以提起刑事附带民事诉讼，要求这位经理返还他所侵占的财物。
这能在一定程度上弥补企业的损失。
在整个处理过程中，保留相关证据是极为关键的。
比如财务账目，它能清晰地反映出资金的流向和用途；
交易记录也能为案件的侦破提供有力的支持。
除了法律途径，企业也可以依据内部的规章制度，对该经理进行相应的行政处分，比如解除劳动合同。
这样既能在法律层面维护企业的权益，又能在内部管理上起到警示作用。
总之，企业一定要依法行事，通过合法的程序来维护自身的权益，确保整个法律程序能够公正、公平地进行。