检察院不起诉的案件，不会有案底。
首先，案底其实是个俗称，不是一个法律概念，其所指向的法律概念叫犯罪记录。
其次，犯罪记录是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载，包括以下内容：犯罪人员的基本情况、检察机关（自诉人）和审判机关的名称、判决书编号、判决确定日期、罪名、所判处刑罚以及刑罚执行情况等。根据规定，已经经过法院审判认定构成犯罪的，才会被记录。
最后，在审查起诉阶段，检察机关作出的不起诉案件决定后，案件即行终止，故行为人不构成犯罪，也不应当被记录犯罪。

《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显着轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。