非法侵占了5000元的话，那是可以立案的。
按照《刑法》的规定，侵占罪得达到数额较大这个标准才会立案，通常这个数额较大指的是一万元以上。
不过，因为各地的经济发展水平不一样，所以有些地方就把数额较大的标准规定成5000元以及5000元以上。
要是侵占了5000元，刚好符合当地的立案标准，那被害人就可以赶紧向公安机关去报案，然后公安机关就会去进行调查取证的工作。
要是调查之后证据那是确凿无疑的，犯罪嫌疑人就得面临相应的刑事处罚，要被判处二年以下的有期徒刑、拘役，或者是罚金；
要是数额特别巨大，或者还有其他特别严重的情节的话，那就要被判处二年以上五年以下的有期徒刑，还要被处罚金。
要是你所在的地区的立案标准跟刚才说的不一样，那可就得以当地的规定为准，可别弄错。