首先，职能权限所对应的适用对象存在明显差异。
监察机构享有对被怀疑涉及贪污受贿、滥用权力以及玩忽职守等职务违规及职务犯罪行为的公职人员实行监督检查之权；而检察院则依法拥有侦查、审查起诉及审判职责与权限，针对涉及到刑事犯罪或者经济犯罪行为的各类人员进行侦办工作。
其次，两者在具体实施过程中，行使的权利也有所不同。
纪委主要负责调查权的执行,而检察院则负有与侦查权紧密相联的专门职责。

《宪法》第一百二十三条
中华人民共和国各级监察委员会是国家的监察机关。