1、侵犯的客体和犯罪对象不同：挪用资金罪侵犯的客体是公司、企业或者其他单位的资金的使用权，对象是公司、企业或者其他单位的资金，其中，既包括国有或者集体所有的资金，也包括公民个人所有、外商所有的资金。挪用公款罪侵犯的客体是公款的使用权和国家机关的威信、国家机关的正常活动等，既有侵犯财产的性质，又有严重的渎职的性质，因此，本法将挪用公款罪规定本法分则第八章的贪污贿赂罪专章中，而不是“侵犯财产罪”专章中。挪用公款罪侵犯的对象限于公款，其中主要是国有财产和国家投资、参股的单位财产，即国家机关、国有公司、企业、事业单位等所有的款项。
2、挪用公款罪和挪用资金罪侵犯的对象客体不同：社会危害性程度也有较大的差别。刑法第三百八十四条规定的挪用公款罪在客观上的三种不同情形的排列顺序，与本条第1款规定的挪用资金罪在客观上的三种不同情形的排列顺序不同，也说明立法者对这两种犯罪打击的重点的不同。在处罚上挪用公款罪也比挪用资金罪严厉得多。

《中华人民共和国刑法》第三百八十四条
挪用公款罪在客观上的三种不同情形的排列顺序，与本条第1款规定的挪用资金罪在客观上的三种不同情形的排列顺序不同，也说明立法者对这两种犯罪打击的重点的不同。在处罚上挪用公款罪也比挪用资金罪严厉得多。