在没有充分证据证明存在强奸犯罪事实的情况下，公安机关应当进行补充侦查工作。若经补证后，公安机关再度将案件移送至检察机关，则检察机关有责任对这些新提供的证据进行审慎审核，以决定是否提起公诉或是做出不起诉决定。假如经过充分补证，涉及强奸罪的证据依然匮乏不足的状况仍然无法改变的话，检察机关亦可适用"证据不足不起诉"这一法律程序，或者径行启动自侦程序展开调查取证工作。

《刑事诉讼法》第五十五条
对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。