公诉案件撤回起诉后的处理方式：
1.撤回起诉后终止诉讼。
这主要是指在证据不足，难以找到新的证据，或法律规定不构成犯罪，不应当追究被告人刑事责任的情况下撤回起诉。
2.案件需变更管辖，撤回起诉后，将案件移送其他检察机关在有管辖权的法院重新起诉。
3.撤回起诉后，补充侦查。
4.撤回起诉后，变更起诉。

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第二百九十六条
在开庭后、宣告判决前，人民检察院要求撤回起诉的，人民法院应当审查撤回起诉的理由，作出是否准许的裁定。