农村拆迁补偿款纠纷处理方式如下：当事人首先可以申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。我国法律规定,被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的,可以依法申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确。承包地之外的农村集体土地被征用，征收方向农村集体经济组织支付地上附着物和青苗费补偿费、安置补助费，其归属法律、法规没有明确规定。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十四条
被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的,可以依法申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。
第十六条
房屋征收范围确定后,不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为;违反规定实施的,不予补偿。
第十九条
对被征收房屋价值的补偿,不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值,由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。对评估确定的被征收房屋价值有异议的,可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的,可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。