农村违章房子的处理方式多样，以下为您详细介绍：
一、责令限期改正或拆除
对于一些相对轻微的违章建筑情况，相关部门通常会采取责令限期改正或拆除的方式。
比如，有些房屋可能只是部分超出了规划范围，或者在建设过程中未完全按照规定的程序进行。
此时，相关部门会明确告知业主，要求其在规定的期限内自行改正，使房屋符合当地的规划要求。
例如，调整房屋的布局、拆除超出部分等。
若业主能在期限内完成整改或拆除工作，那么就可避免后续更为严厉的处罚。
二、罚款并补办手续
在部分特定情形下，若违章建筑的情节较轻，并且通过补办相关手续能够让其合法化，相关部门会考虑责令业主补办手续，同时处以一定数额的罚款。
比如，可能是建设时缺少某些审批文件，但房屋整体对周边环境和规划影响较小。
通过补办手续并缴纳罚款，使房屋的建设合法化。
三、强制拆除
业主在规定期限内没有按照要求自行改正或拆除违章建筑，相关部门为了维护规划的严肃性和公共利益，有权依法进行强制拆除。
而且，强制拆除所产生的费用通常需要由违章建筑的业主来承担。
具体采用哪种处理方式，会综合考虑违章建筑的实际情况，如违章的严重程度、对周边的影响等，以及所在地区的具体相关规定。

案情回顾:

小朱在农村建房，部分超出规划范围且建设程序不符规定。相关部门责令其限期改正，小朱却认为自己只是小范围超出，不愿整改。之后，相关部门考虑其情节决定让其补办手续并罚款，但小朱拒绝缴纳罚款和补办手续。

案情分析:

1、小朱房屋部分违章，相关部门责令限期改正符合规定，小朱应按要求整改，避免更严厉处罚，其拒绝整改行为不妥。
2、相关部门考虑其情节给予补办手续并罚款的处理是合理的，小朱拒绝缴纳罚款和补办手续，相关部门有权依法强制拆除，且费用由小朱承担。