棚户区改造回迁时出现纠纷可以向人民法院起诉。拆迁补偿安置协议签订后，被拆迁人或者房屋承租人在协议约定的搬迁期限内拒不搬迁的，拆迁方可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以立案依法向人民法院提起的民事诉讼，在诉讼期间，拆迁人可以依法向人民法院申请先予执行。为鼓励棚户区居民按期拆迁，调动承接城市棚户区改造项目的房地产开发企业建设积极性，凡列入全省棚户区改造计划的棚户区改造项目均可享受地方优惠政策。棚户区改造房是指棚户区内将要被改造拆迁的住房，是依法拥有被拆迁房屋的所有权；另一层含义只是指棚户区改造后建设的住房。

《中华人民共和国城市房屋拆迁管理条例》第十五条拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。