农村自建房申请土地使用证的流程如下：
1、准备身份证件、户口本复印件等相关材料，；
2、到所属乡镇国土资源管理所申请办理土地使用证，主要指的是宅基地使用权证；
3、填写宅基地申请表，并提交相关材料；
4、审查材料，审查通过后在规定期限内发证。
根据《土地管理法》第六十二条第一款规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
第六十二条第四款规定，农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；
其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。

《土地管理法》第六十二条第一款农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
《土地管理法》第六十二条第四款农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；
其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。