被告人有一套小产权房，法院不能强制执行。
因为小产权房屋是非法的，法院如果查封、拍卖，就会使非法的变成合法的，会使所有的小产权房屋都会通过法院的诉讼程序来合法化。
小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村颁发。

《中华人民共和国土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；
已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；
已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。