国家安全机关作为国家政法机关，法律不仅赋予了国家安全机关刑事执法权，同时也赋予了国家安全机关行政执法权。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等法律的规定，国家安全机关的刑事执法权主要包括：对危害国家安全机关犯罪刑事案件的立法权；对犯罪嫌疑人可以采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施的权力；为发现犯罪嫌疑人和犯罪证据，对有关场所、物品和人身进行搜查的权力；查询、调取物证的权力；讯问犯罪嫌疑人和询问证人的权力；为发现犯罪证据而进行技术侦察的权力；根据《国家安全法》及其实施细则、《行政处罚法》、《行政许可法》等法律法规的规定，国家安全机关在行政执法方面，有优先决定权、行政监督检查权、行政决定权、行政处罚权、采取行政强制措施权、行政指导权以及国家安全事项的建设项目进行行政许可等。
《行政许可法》第三条行政许可的设定和实施，适用本法。
有关行政机关对其他机关或者对其直接管理的事业单位的人事、财务、外事等事项的审批，不适用本法。