若贵公司擅自扣减员工薪资，此举无疑是违法之举。
对于此类现象，建议您先尝试与公司的人力资源管理部门或者财务部门进行有效的交流，以期探明被扣除款项的具体缘由，同时表达出您对这样做的强烈不满之情。
倘若在沟通中未能得到满意的解决方案，那么您便有必要着手搜集相关的证据材料，例如工资单据、劳动合同以及工作记录等等，以便向当地的劳动监察机构提出投诉或者申请劳动仲裁。
根据我国现行的法律法规，用人单位必须严格遵守劳动合同中的约定条款，并且要按照国家的相关规定，及时且足额地向劳动者支付相应的劳动报酬。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。