建筑工地农民工月工资超过5000的，要缴纳个人所得税。工资个人所得税应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（五险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。工资应纳税额=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。