一、刑事诉讼特别程序的内容
1.未成年人犯罪案件诉讼程序
我国过去虽然在刑法和刑事诉讼法以 及有关的司法解释中已经对未成年人犯罪案件有不少特别规定，但是由于这些规定均散见在其他有关制度和程序中，缺乏系统性。《草案》在吸收过去成功经验和做 法的基础上，专章对未成年人犯罪案件诉讼程序进行规定，彰显了国家对未成年犯罪问题的重视以及对未成年犯罪人进行“教育、感化、挽救和改造”的方针。特别 应当提到的是，《草案》除了整合现行规定以外，还在两个方面有重大突破：一是对未成年人犯罪设置了附条件不起诉制度，规定对于未成年人涉嫌侵犯人身权利民 主权利、侵犯财产、妨害社会管理秩序犯罪，可能判处一年有期徒刑以 下的刑罚，符合起诉条件，但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。二是确立了未成年人犯罪的犯罪记录封存制度。规定犯罪的时候不满十八 岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对犯罪记录予以封存，不得向任何单位和个人提供。这两个制度的确立，对于未成年犯罪人消除犯罪污点、尽快回归社 会，无疑具有重大的进步意义。
2.特定范围公诉案件的和解程序
近年来，学界对刑事和解进行了热烈的讨论，实践中也进行了许多有益的探索。《刑事诉讼法》对刑事和解采取了既积极又 审慎的态度：一方面将刑事和解程序从原来的自诉案件扩大适用到公诉案件；另一方面又严格限定和解程序的适用范围，将其限定为因民间纠纷引起，涉嫌侵犯人身 权利民主权利、侵犯财产犯罪，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的故意犯罪案件，以及除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下的过失犯罪案件。和解程序引入 公诉案件，对于化解社会矛盾、节省国家司法资源将会发生巨大的促进作用，同时限定其范围又充分体现了国家刑罚权的严肃性，有利于保证司法公正的底限。
3.犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序
由于没有缺席审判制度，无法解决犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡后案件中的违法所得的没收问题。尤其是考虑到与我国已加入的联合国反腐败公约及有关反恐怖 问题的决议相衔接，对于贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人潜逃，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死 亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请，并设置了具体的审理程序。这一特别程序的设立， 对于减少犯罪损失、维护国家利益、促进司法协助，都有重大意义。
4.对实施暴力行为的精神病人的强制医疗程序
许多国家的刑事诉讼法针对精神病人都建立了强制医疗程序，其目的在于预防精神病人再次实施危害社会的行为，并避免精神病人自我伤害。我国此次刑事诉讼法修 订草案，对这一问题也给予了足够的重视，规定对实施暴力行为危害公共安全或者致人死亡、重伤，依法不负刑事责任，有继续危害社会可能的精神病人，由人民检 察院向人民法院提出强制医疗的申请，由人民法院作出决定，并对人民法院的决定程序、强制医疗的解除程序和人民检察院的监督等作出规定。这一特别程序的增设 对于保障公众安全、维护社会和谐有序、及时妥善医治精神病人都将发挥重大作用。
二、刑事诉讼普通程序与特别程序的关系
1.特别程序是对普通刑事程序的丰富完善。
在修改后刑诉法中，普通刑事程序规定了立案、侦 查、审查起诉、提起公诉、审判和执行程序，特别程序在这些程序性规定基础之上，结合特殊案件的特点，丰富完善了普通刑事程序，主要体现在以下四个方面：一 是对未成年人刑事案件的从宽处遇规定。修改后刑诉法将散见于各类规范之中的有关未成年人刑事诉讼程序系统化，形成了我国独具特色的未成年人刑事诉讼程序。 例如，根据修改后刑诉法第二百七十一条至第二百七十三条的规定，对符合法定条件的未成年犯罪嫌疑人，人民检察院可以适用附条件不起诉，但是，附条件不起诉 不能终结诉讼程序，其法律效力之一就是强化了人民检察院对犯罪未成年人作出不起诉决定，因此，附条件不起诉是对不起诉制度的发展。二是当事人和解的公诉案件程序依然不能脱离公诉程序的一般程序性规定。当事人和解的公诉案件诉讼程序仍然需要兼顾普通刑事案件的公诉程序，譬如，都需要向人民法院 移送起诉书、案卷材料和证据目录，都需要人民检察院派员出庭支持公诉。三是犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序是对普通刑事案件违法所得程 序的补充，其立法目的主要是弥补犯罪嫌疑人、被告人死亡、逃匿下无法追缴违法所得的立法缺陷。四是对不负刑事责任精神病人的强制医疗程序也离不开普通刑事 程序。因为，司法实践中，强制医疗的案件分为两类：一是公安机关在侦查阶段发现犯罪嫌疑人可能是精神病人，经鉴定程序确认后，启动特别程序；二是在检察机 关审查期间发现犯罪嫌疑人患有精神疾病的情况，经法定程序鉴定确认后，由检察机关启动特别程序。
2.刑事立案程序是特别程序案件必须经历的诉讼程序。
立案是指公安机关、人民检察院、人民法 院对报案、控告、举报和犯罪嫌疑人投案自首等材料进行审查，判明是否有犯罪事实并需要追究刑事责任，依法决定是否作为刑事案件进行侦查或者审判的诉讼活 动。立案是刑事诉讼活动的开始和必经阶段，没有立案就没有刑事诉讼的整个程序，根据这一规律和法律规定，立案程序对特别程序案件也同样适用。适用特别程序 的四类案件都只有经由立案程序才能进入刑事诉讼程序，因此，无论是未成年人刑事案件诉讼程序，当事人和解的公诉案件诉讼程序，犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死 亡案件违法所得没收程序或者不负刑事责任精神病人的强制医疗程序，都是在按照普通刑事案件立案之后，才进而转入到特别程序，因此，特别程序案件需要遵循普 通刑事案件的立案程序。
3.普通刑事程序是特别程序的补充。
考察特别程序规范，不难发现，尽管修改后刑诉法对四种类 型的特殊案件规定了特别程序，但是，法典考虑到特别程序之不足，仍然需要普通刑事程序予以救济和补充，这方面的立法例证以未成年人刑事案件的诉讼程序最为 典型，例如，修改后刑诉法第二百七十六条规定：“办理未成年人刑事案件，除了本章已有规定的以外，按照本法的其他规定进行。”再如，对附条件不起诉决定如 何进行复议、复核和申诉，特别程序中并未规定，而是在修改后刑诉法第二百七十一条第二款中规定：“适用本法第一百七十五条、第一百七十六条的规定。”而第 一百七十五条和第一百七十六条是对人民检察院的不起诉决定进行复议、复核和公诉转自诉所规定的普通刑事程序。
4.特别程序可以回转至普通刑事程序。
特别程序和普通刑事程序之间的关系是一种动态关系，通常情况下，刑事案件在经历过普通刑事程序后，才发展为特别程序。但是，这种前后连续的发展状态有时并不顺畅，其中，随着案情的变化，存在着由特别程 序回转至普通刑事程序的较大可能性，这种客观现象表明普通刑事程序和特别程序之间存在着反向的回转关系。
首先，对未成年人刑事案件诉讼程序而言，部分程序是在立案以后启动和适用的，有一些案件很可能是在审查起诉或者审判阶段才适用。众所周知，未成年犯罪嫌疑人、被告人之所以享有比成年人更为优厚的诉讼权利，一个重要的法定因素就是其年龄未满十八周岁。根据我国刑法和 《刑法修正案（八）》的规定，对未满十八周岁的未成年人应当从轻或者减轻处罚或者其他从宽处罚。因此，公安司法机关在办理未成年人刑事案件过程中，查证行 为人的年龄是否已满十八周岁是一项重要的诉讼活动。为此，司法解释对年龄的调查取证进行了明确规定，对原来适用特别程序的刑事案件，人民检察院经过审查， 证实行为人年龄未满十八周岁，就必须启动未成年人刑事案件程序。相应地，对之前适用特别程序的案件，查证行为人已满十八周岁的，就应当终止特别程序，将案 件程序回转为普通刑事程序。而且，这种程序回转的情况可能发生在侦查阶段、审查起诉阶段或者审判阶段。
其次，对当事人和解的公诉案件诉讼程序回转至普通刑事程序的可能性依然存在。根据修改后刑诉法 第二百七十七条至第二百七十九条的规定，和解的公诉案件适用特别程序必须具备实体条件和程序性条件，其中，实体性条件包括：案件原因必须是因民间纠纷引 起。案件范围须是刑法分则第五章所规定的侵犯财产犯罪案件，或者是第四章所规定的侵犯公民人身权利、民主权利犯罪案件，且为可能判处三年有期徒刑以下刑罚 的案件；除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件；五年之内没有犯罪前科。因此，虽然侦查机关在侦查阶段启动了特别程序，但在审查起 诉阶段，检察机关发现案件欠缺适用特别程序的实体性条件，就应当终止特别程序，重新启动普通刑事程序。
再次，在犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序中，同样存在特别程序回转至普通 刑事程序的时间和空间。例如，就逃匿情形之下违法所得的没收程序而言，人民法院受理检察机关的没收申请之后，应当发出为期六个月的公告，在此期间，被告人 出现的，则特别程序终止，启动普通刑事程序。对此，《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第五百三十二条规定：“在审查公安机关移送的没收违法所得意见书的 过程中，在逃犯罪嫌疑人、被告人自动投案或者被抓获的，人民检察院应当终止审查，并将案件退回公安机关处理。”据此，公安机关就应该终止特别程序，适用普 通刑事程序继续补充侦查，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
最后，对强制医疗程序依然存在特别程序转为普通刑事程序的情形。例如，根据修改后刑诉法第二百 八十五条第二款的规定，对于公安机关移送的精神病人符合强制医疗条件的，人民检察院应当向人民法院提出强制医疗的申请。因此，人民检察院对公安机关的强制 医疗申请有审查的权力，对不符合强制医疗程序的案件，人民检察院应当将案件退回公安机关，由公安机关重新启动普通刑事程序追究其刑事责任。
特别程序和普通刑事程序的关系是一种互相补充、互相转换、彼此关联的动态发展关系，这种动态关系不仅体现了两种诉讼程序的相对独立性，而且体现了各自规范的诉讼价值。